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時輪乘對時間有著獨特的計算方法，他們對宇宙的運動規律瞭如指掌，修持也是按規律進行，因現象幻變是隨著時間變化而運轉，必須對時間進行很好把握，才能增進修持的進度，這種把握的前提是必須學習“ 時輪金剛時間計算法” 。此種算法較為複雜，於此不便詳述，其基礎是要理解三輪運轉的相應規律。
時輪乘指出，天地時間週期以年為“ 時” ，日行十二宮，時行21 ， 600 次分為“ 輪”( 時輪歷上，一晝夜平均為60 時分， 360 日×60=21600 ) ，按此周而復始，流轉不息，形成四季交替，萬物生滅。藏歷把天體分為十二宮，用十二屬配五行紀年，有閏月，也有閏日。十二宮乃印度古天文所說之十二大星座，而密教胎藏界曼荼羅將之分為四方，每方三宮，如東方為夫婦宮、羊宮、牛宮，依此類推。這十二宮與人體是對應的，無上瑜珈認為人身之氣在臍部運行十二宮，這樣便“ 天人相應” ，以人體小宇宙來探索天體大宇宙。由此，我們便可理解，古人謂“ 一息之間，天地往赴” 並非空穴來風( 按，藏地天文曆算設在藏醫院，這並非是沒有理由的，喻示著外求法必須在內求法中解決) 。內輪主要指的是人體的氣脈循環週期，以一晝夜為“ 時” ，諸氣遍行十二輪，呼吸21 ， 600 次為輪，流動循環形成人體新陳代謝。

時輪學可以說是時輪密法的理論部分，它將人體生理學剖析得非常透徹，使學者了知自身中“ 山河大地” 的諸多奧秘，如其對人的呼吸次數的測算，就足以顯示時輪學的真實性。《西藏的瑜珈和秘密教義》中說： “ 西藏上師和印度上師，同樣認為每晝夜24 小時共呼吸21600 次( 一呼一吸為一次) ，即每小時900 次，每分鐘15 次” ，這與生理學上每分鐘平均呼吸16 棗18 次的理論極為近似。密輪是三輪學中最重要部分，它將外輪與內輪結合起來，根據內外時輪客觀規律來改變世間生死規律，是時輪乘為人類所留下的以淨化超脫為目的的修持方法，以淨治氣脈明點獲得法界大輪的空樂自在。

分分秒秒組成歲月時輪，無始無終轉動不息，威力無比，它創造出五光十色的天地萬物，又將它一個個粉碎，不留痕跡，這是“外時輪”。現代科學中的相對論，講四度空間，就是三度空間，加上時間，認為一切存在都離不開時間的因素。時輪就是重視時間，一切從時間的角度解釋生滅的，認為生命是時間。時間和空間兩方面中首先是重視時間的，從時間的角度研究宇宙，研究人體生命，除了時間，還有什麼呢？什麼也有沒有了。人類社會的存在，離開時間就談不上了，什麼也沒有了。我們說過去什麼社會，現在什麼社會，都離不開時間，一離一開時間，就什麼也談不到了。所以把時間看成一個循環的過程。一年四季，春夏秋冬是外時輪。比如“時輪天文”是時輪法裡面的一的一個部分，是講天文、宇宙構造的宇宙學說，藏族的天文學主要是用時輪天文，它算出的行星軌道，每年的日蝕、月蝕和現代科學天台算的結果十分接近，精確度和天文台電子計算機的也很近似，只是說法不一樣。時間是根據太陽運行的相對位置來決定的，如：從今天早上太陽出來，落下去到明天早上太陽出來是一天的時間，一年時間也是太陽遍行十二宮星座的位置一周的時間，就叫一年。從一天來說，每天還有十二宮星座的位置。十二宮，有六陰宮、六陽宮，陰陽配合形成一天的陰陽時間。時輪法一天是60個時分，時輪天文曆算分三種：一個是宮日，一個是太陽日，一個是太陽日，以月的圓缺週期為一個月，一年十二個月，根據月的圓缺週期算有時是29天，有時是30天，這樣算下來，一年一般是371天稍過一些。實際上現在按360天算時就多幾天，這多的幾天三年兩頭用閏月來處理。一天日行十二宮時間，今天早上是日出到明天早是日出為一天的時間，日行十二宮，十二時辰，這樣算下來，一年就是365天過一些，現在陽曆就是這樣算的。這樣幾年多一天就是閏年。

宮歷是從星座位置算，日行十二宮，以弧度為360 度，一般就是360天，宮日就這樣算來的。

無論怎樣算，分分秒秒都是時間。時間無始無終，流動不息，時間像個輪子在不停地轉，一年季轉，每天在轉。時間輪子的轉動中創造出五光十色的天地萬物。歷史、文化、社會都是在時間中創造出來的，同時，時間又將它一個個粉碎，不留痕跡，歷史上的很多東西都沒有了，人類的許多文明一個個也都沒有了--- -這是外時輪。

人體生命是小宇宙，和外部宇宙有一定關係。比如人的情緒，在春天和夏天或在一天的早上和晚上都不一樣，人的智力和興奮程度都不一樣，陰陽程度不一樣，天體時間變化時也不一樣。比如沿海地區的人到高原上去不適應。也就是說宇宙的天體時間對身體影響相當大，生命環境不能分開，任何一個小的變化都會影響身體和生命。所以，凡是外面的東西在人的身體上都有。人體的氣脈運行節奏形成人體生命的時輪。氣脈運行有節奏，呼吸有節奏，心臟跳動有節奏，不能快也不能慢，就是氣脈運行的節奏，形成生命的時輪。從生到死氣脈運轉不息，創造著維生元素，育養著生命，但又無情地破壞生機，致使生命夭折、終止。一方面創造維持著生命，一方面又破壞生命，把生命推向滅亡，這就是時輪法要解決的問題。比如時法上講，人一天平均呼吸２１６００次，用現在的算法大概是四秒鐘一次，６０個時分，呼吸２１６００次/每天，氣在人體的脈輪中遍行一周的時間等於一晝夜。一天的十二個時分也分陰陽，氣也分陰陽……