歸屬皖系

1912年（民國元年）5月，經張錫鑾推薦，袁世凱任命許世英為大理院院長。此後他歷任陸徵祥內閣、趙秉鈞內閣、段祺瑞臨時內閣的司法總長。任內確立了中國律師制度。他還從事政黨活動，和徐謙等人組織了國民共進會，後來該會同其他黨派合組國民黨1913年（民國2年）3月宋教仁遇刺身亡，作為國民黨員，許世英以司法總長身份阻撓宋教仁遇刺案的審理調查，革命派的黃興對他嚴詞糾彈。
1913年10月，他轉任奉天省民政長。1914年（民國3年）春，他成為約法會議議員。同年5月，他被任命為福建民政長（後來改稱巡按使）。他還獲授少卿加中卿銜，二等嘉禾章。[2]因和福建護軍使李厚基不睦，許世英於1916年（民國5年）4月辭任福建巡按使。
袁世凱死後，許世英因為地縁關係而加入了段祺瑞領導的皖系。民國5年6月，他任內務總長，7月任交通總長。在府院之爭中，他因在津浦鐵路購車舞弊案[3] 中被控受賄而於1917年5月3日辭職，由權量暫代。許世英於5月4日被京師高等檢察廳檢察長楊蔭杭傳訊，不久被國務會議宣告無罪。1918年（民國7年），他任中國同義大利合辦的華意銀行總裁。