尊勝陀羅尼咒的緣起根據佛經記載尊勝陀羅尼咒是釋迦牟尼佛應帝釋天主的請求所傳授的。


在釋迦牟尼佛時代，天上界善法堂天有一位善住天子。善住天子享有大福報，住在廣大天宮，周圍有無數無量的天人天女陪伴，每天享樂異常。

有一天，當善住天子跟眾天人天女在花園欣賞美景時，突有天樂傳來，並有一個聲音說：「善住天子，你七天之後天命將盡。命終之後投胎於娑婆世界輪迴，先做七種畜生，然後墮落地獄，在地獄受盡種種的痛苦之後才能投胎做人。

但你在母胎之中，雙目即盲，所以天生雙眼是瞎的，而且你生在貧賤之家。」善住天子一聽大驚失色。再也顧不得玩樂，匆忙趕到帝釋天主那裡，哭著祈求帝釋拯救祂。

當祂將這虛空中的聲音所說之事告訴帝釋天的時候，帝釋心想，善住天子真的會輪迴為七種動物？覺得非常不可思議，又想，如果祂輪迴為七種動物，會是哪七種呢？於是靜坐入定，在禪定中，清楚看到這善住天子將來命終之後，在娑婆世界，先投胎為豬，再投胎為狗，又投胎為野狐、彌猴、大蟒蛇、烏鴉和鷲鷹，果然是七種動物。

帝釋在定中又看到善住天以種種污穢之物為食，也看到許多悽慘的景像。帝釋天主出定後，心裡非常的難過，因為祂沒有辦法改變這個結果。這時祂想到偉大的釋迦牟尼佛。只有佛陀才有辦法拯救這可憐的善住天子。

於是天帝馬上準備種種珍貴的供品，到祇樹給孤獨園去拜見佛陀，做廣大供養。然後，長跪於佛前，將善住天子的事情，一一向佛陀稟告，請求慈悲拯救這可憐的善住天子。

這時候，釋迦牟尼佛從頂門上放大光明，剎那間遍滿十方法界，於頂輪中化現尊勝佛母。

佛陀告訴天帝，我有一個咒語，叫做佛頂尊勝，能夠淨除一切惡道，破除一切的生死苦惱，淨除地獄、惡鬼、畜生界等種種的痛苦，能破一切地獄，迴向一切善道。佛陀又告訴天帝，如果有人能夠用心聽聞佛頂尊勝陀羅尼這個咒語，他前世所造的一切地獄的惡業都能消除，而且得到清淨之身；這個咒語隨此人所生之處，不管哪一個境界都能憶持不忘。佛陀又說，如果有人的壽命將終之時，能夠憶持佛頂尊勝咒，可以得到延壽的功德，並使身口意清淨，得到安樂穩定，一切的佛菩薩常常放光遍照此人，可以得到善神的守護，能消除一切的災難。用心持這個咒語，本來應該墮落地獄惡鬼的，一切惡業苦難全部可以消除，一切佛國菩薩的淨土都可以進入，毫無障礙。

釋迦牟尼佛講完咒語的種種功德之後，告訴帝釋：你回去將這個咒語傳授給善住天子，七天之後再帶祂來見我。

帝釋回到自己的天宮之後，將這無上殊勝的尊勝陀羅尼傳授給善住天子。善住天子很虔誠的依照佛陀的教導，連續持誦了六天六夜，一切所求都得到圓滿，一切惡道、畜生等等惡業得到解脫，得到清淨光明，而且增壽無量。

到了第七天，一切的修法都圓滿了。帝釋天帝帶著善住天子來見佛陀，感謝佛陀的救命之恩。這時候釋迦牟尼佛為善住天子摩頂授記，然後告訴大眾，這本經叫做「淨一切惡道佛頂尊勝陀羅尼」，囑咐大家要好好的修持。