【癸卯運.甲申年】万历十二年，憨山三十九岁。七月，北京龙华寺住持，憨山的老朋友瑞庵和尚来到了崂山。 原来，皇宫里的慈圣皇太后李娘娘，自从抱上皇长孙常洛以后，心里非常感激五台山举办法会的三位高僧，决心重重地报答。太后知道，举办法会是由德清澄印和尚首先倡议，并顶住压力坚持举办的。论功劳，德清澄印为第一。但派人找了许多名山大寺，也不知道德清澄印和尚藏到哪里去了。人的心理就是这样，越找不着，便越想找，越想一见。太后打听到，龙华寺住持瑞庵和尚与德清澄印关系密切，一定知道德清的隐居之处，就下命令，让瑞庵亲自出马，把德清找出来。 于是，瑞庵来到崂山，面见憨山，宣读懿旨，说明了太后要报恩的意思憨山婉言拒绝了太后的盛情。 瑞庵回京复命以后，太后果然更加敬重憨山。她捐资在北京的西山修建了一座寺院，派太监张本来崂山，请憨山到那里当住持。 憨山再次谢绝了太后，没有去。而李太后，两次报恩不成，心里固然更加敬重憨山，但也有一种不服气的感觉，总要想办法让憨山就范，接受她的恩赐。张本回京向太后复命，介绍了憨山在崂山的情况。太后知道憨山现在住在茅篷里，没有合适的房子。就从“内帑”中支取了三千两银子，仍派这个张本张公公，去崂山赏赐憨山，让他重新修建观音庵。 这一年，山东一带发生饥荒，灾民很多。憨山于是出了个主意，说：“古人经常矫诏救饥民的美事，今年山东有饥荒，我们为什么不把这笔银子用来赈济呢？” 张本勉强同意了，憨山于是请人办理，把银两分发给附近州县的僧道、孤老、狱囚。憨山办事精细，分发银两时，账目清楚，手续齐全，所有领到银两的地方，都有该地官员的明细账目，签字，盖印。 最后，让张本拿着一沓账本，回京向太后复命。太后看了，感叹不已。
憨山此次赈灾时的精细，到后来打官司时，救了他一命。 由于朝廷使者的几番往返，也由于赈济灾民。本来想清静隐居的憨山，无形中又出了名。当地的官员和居民，渐渐知道崂山里头住着一位引起朝廷重视的大德高僧，深生信仰，便纷纷上山来看望。憨山趁此机会，向居民们讲些浅显易懂的佛法道理，引导他们信仰佛法。 李太后在明朝是出了名的佛教信徒，下懿旨选编了一批中国佛教著作，补入《大藏经》，刻版印刷，颁行天下，三次报答憨山，憨山拒绝了两次，最后一次，采用“矫诏赈灾”的形式，将太后恩赐的银两用于救济灾民，由此获得了太后更深的敬意。李太后做事很有气魄。最后，她用赠送《大藏经》的形式，和憨山建立了不平常的友谊。憨山这次无法拒绝了。太后赏赐的银两可以不要，住持的名位可以不要，但新刻印的《大藏经》是不能拒绝的。他的小茅篷，根本放不下经书，没奈何，钦差大人张本张公公通知山东当地官府，临时找个地方，把经书先安置起来。然后向憨山宣旨，教他入京谢恩。 所以，他只好跟着张公公到北京，面见太后和皇帝，谢主龙恩。后宫的嫔妃们每人也捐了不少，凑了一大笔钱，交给憨山，让他回崂山修建寺院，并且赐名“海印寺”。

【癸卯運.乙酉年】憨山四十岁。万历十三年，憨山任命德宗为工程的总管，安、桂二侍者也负起了管理责任。购买材料，雇佣工匠，并进一步募化钱粮，轰轰烈烈地干了起来，前后大约用了三年时间，完成了海印寺工程。根据道教方面的记载，憨山等人兴建海印寺前，曾以种田的名义，从道士手里买走了太清宫的一块地皮，到手之后，却盖起寺庙来。这件事，后来成为佛道两家争执打官司的起源。

【癸卯運.丙戌年】憨山四十一岁。万历十四年冬十一月，海印寺的第一期工程竣工，盖好了几间禅室。憨山师徒乔迁新居，心情都非常愉快。憨山从五台山法会以来，奔波辛苦，身体一直不好。这时，有了焕然一新的禅室可住，立即好像有了家一样，身心都放松了，参禅用功，也有了新的境界。

【癸卯運.丁亥年】憨山四十二岁。万历十五年，这一年，海印寺开始修建大殿。憨山兴冲冲地开堂登坛，说法传戒。海印寺吸引了远近许多僧侣和居士，成为山东省著名的佛教道场。

【癸卯運.戊子年】憨山四十三岁，万历十六年，海印寺的工程仍在继续。憨山给弟子们讲授自己创作的《楞严悬镜》

【癸卯運.己丑年】憨山四十四岁，万历十七年，藏经阁修建完毕，太后钦赐的《大藏经》安奉妥当。憨山借此开始阅读藏经。抽出时间，还给弟子们讲授《法华经》和《大乘起信论》。 另外，《年谱》虽无记载，但从其它记载得知，憨山这几年虽常住在崂山，但经常去北京。 万历十七年夏天，憨山已经陷入争地的官司之中，在即墨县城东郭外住了一段时间，听候传唤，上堂答辩。万历十七年冬十月，憨山到北京给南京大报恩寺请藏颁发一部《大藏经》，皇帝同意了。皇帝命令憨山亲自护送藏经到南京，妥善安奉。冬十一月，憨山回到了南京。 报恩寺遭雷火后，烧毁了一大部分殿宇房屋，但琉璃宝塔没有受到什么损失，寺里还有一些殿宇可以安奉藏经。憨山护送藏经回到南京，是当时一件盛事。据记载，报恩寺塔中设有灯烛香炉，白天香烟缭绕，晚上灯火通明，当时是南京一大奇景，非常壮观。憨山立志苦修，报答师恩，重修报恩寺的做法，太后十分欣赏。所以，她欣然同意减少膳费，替憨山攒钱。 后宫的花销大，“内帑”的银两有限，李太后减膳攒钱，倒也不是空口说说而已。她从万历十七年十二月开始攒起，每天一百两，每月是三千两，一年就是三万六千两。

【癸卯運.庚寅年】憨山四十六岁，万历十八年，憨山回海印寺后，发心替太后书写一部《法华经》作为对太后的回报。写经从万历十八年正月开始，不过这次是墨写，没有刺血写经。 崂山太清宫的道士们，控告憨山侵占道场，这场官司是在万历十八年开始打起的。

【癸卯運.辛卯年】憨山四十七岁，万历十九年，太后慈恩浩荡，捐造一座檀香毗卢佛像给海印寺，并捐造了一座大殿。这笔钱，是太后另出的，没有动用报恩寺的积蓄。

【癸卯運.癸巳年】憨山四十八岁，万历二十一年，山东发生饥荒，饿死了很多人。憨山在崂山，将海印寺储存的斋粮全部拿出来，赈济崂山附近的灾民，根本不够用。于是，他搭了艘便船，渡海到辽东，买了几百石豆子运回来，发放给灾民。在他的努力下，崂山附近村镇的居民，当年没有饿死的。憨山的能力有限，只能做到这个地步，更远的一点地方，他就照顾不到了。

【甲辰運.甲午年】憨山四十九岁，万历二十二年春天，山东巡抚郑昆崖，听说了憨山赈济灾民的行动，非常感动，就上山来拜访，归依受戒，憨山给他讲授了参禅的方法，这段法语后来收在《梦游集》的第一篇。 冬十月，憨山到北京，给太后贺寿。太后留他在北京过冬，并在大慈寿寺为众僧说戒。

【甲辰運.乙未年】憨山五十岁，万历二十三年，憨山在北京过了春节，有些失意地回到山东崂山海印寺，等待他的却是牢狱之灾。万历二十三年春天，憨山被捕，押送到北京。憨山在北京的监狱中住了八个多月，万历二十三年冬十月，憨山离开北京，在解差的押送下，乘船沿运河南下，到广东雷州从军服刑。憨山在南京住了一阵子，过了年，继续出发南行。(道士耿义兰协助崂山太清宫刘真湖、贾性全等道士，到即墨县、莱州府和省会济南告状，控告憨山侵占道场，又跑到北京告御状，万历皇帝也不受理。 后来万历二十三年，万历皇帝宠郑贵妃，想立皇三子常洵，而太后支持皇长子常洛，母子意见不合。万历皇帝一向孝顺，不便直接发作，必然要敲山震虎，杀鸡儆猴，借着打击太后宠信的太监和太后信仰的高僧，来暗示太后。 太后一向爱做佛事，为佛教捐了不少钱，经手的太监们雁过拔毛，中饱私囊，从中发了不少财。万历皇帝早就不满，要借抄家的机会把钱追回来。皇帝终于受理此案，皇帝大怒，下严旨捉拿审问。又过了五年的审理争辩，耿义兰终于胜诉。万历二十八年，皇帝下令拆毁海印寺，重修太清宫，并颁发了《道藏》和《续道藏》，册封耿义兰为“护教真人”，钦赐御伞御棍，金冠紫袍。 到万历四十七年，耿义兰去世，终年一百一十岁。)

【甲辰運.丙申年】憨山五十一岁，万历二十四年二月底，憨山到达了广州。 一路上受朋友照顾，憨山没有吃什么苦头。到了发配地，憨山必须老老实实地充当“贼配军”，他换上囚服，在解差的带领下，拜见了广东省的军事长官“大将军”“总镇”王汉冲（可能是总兵）。 王汉冲早就收到北京朋友的来信，了解了憨山获罪的缘由，所以对憨山很客气，另眼看待，让他去掉刑枷，脱去囚服，暂时寓居到海珠寺中，并安排了斋饭款待憨山。广州到雷州有一千五百多里的路程，天气炎热干旱，遍地饥民死尸，惨不忍睹。憨山曾写信经紫柏大师说，当时饥民们铤而走险，拦路抢劫的很多，许多三尺童子都拿起了刀，抢东西吃。憨山一行，因为有官府的照料，所以走得相对安全轻松。 ”三月十日到达雷州，到卫所报到，换上军装，憨山成了大明朝的一名普通士兵。 但是，憨山可能仍然受到卫所的特殊照顾，没有把他当普通士兵来看待，允许他寓居到雷州城西的古寺中，活动比较自由。 但憨山这时，生了一场大病。万历二十四年八月，被总镇王汉冲下令调回广州，住在演武场的军营内。这是王汉冲法外开恩，照顾憨山。让他到雷州走一遭，投军做个样子，然后就借权力之便，调回广州闲住，免受军营中的苦恼。憨山回到广州后，可以经常和官员朋友们来往，生活悠闲自由，有足够的时间从事著述。他休息了两个月，十月份，重新开始注释《楞伽经》。

【甲辰運.丁酉年】憨山五十二岁，万历二十五年广州城里，死于饥渴和传染病的百姓也比比皆是，许多都是全家死亡，尸体无人收埋。万历二十五年正月，憨山带着弟子们，并动员部队上的官兵和地方上的朋友，组织掩埋工作，前后埋了几千具尸体。然后，按照雷州的旧例，举办了一个七日七夜的“普济道场”。两广总督陈大科平时驻在端州，他性情耿直，法度严厉，平时没有人敢私下里打他的关节，走他的门路。但陈大科对憨山很看重，憨山初来的时候，还没有来拜见他，他先派人慰劳憨山，帮憨山办理邮符。万历二十五年九月，憨山和朋友丁右武一起去端州拜见陈大科，陈大科让门役挡驾，婉言推辞。到了晚上，陈大科亲自到憨山的船上来问候，同时还带来了茶点果品，大家亲切交谈，直到三更才分手。 后来，陈大科到处向人宣场，说憨山是“僧中麟凤”，并介绍广东省其它官员和憨山认识。从此，憨山的名气又大了起来。

【甲辰運.己亥年】憨山五十四岁。万历二十七年，这一年春天，樊友轩捐资刻印的《观楞伽经笔记》已经完成。憨山很重视这部著作，他兴冲冲地向弟子们讲解了一遍，然后向佛教界有名的高僧朋友们、官场上信佛护法的居士朋友们，寄信寄书，先后送出一百多部。 万历二十七年二月，法性寺一山和尚邀请憨山在菩提树下，讲授《法华经》《楞严经》《楞伽经》以及唯识经论等等，前后讲了四个多月。万历二十七年七月十五日，憨山组织僧人信徒举行了一次盂兰盆法会，登坛讲授《孝衡钞》。万历二十七年秋天，憨山到惠州看望丁忧守墓的老朋友杨复所。到惠州后，听说杨复所刚刚去世，憨山便帮助料理了杨复所的丧事。碰巧潮州道台任大人陪着“直指”视察，（“直指”可能是八府巡按或者监察御史之类的官员）便请憨山一道游览了苏东坡的故地西湖、白鹤峰等。任大人和“直指”大人可能对憨山有所提醒，憨山从惠州回来后，立即就停止法务活动，散去徒众，自己修行闭关，尽量地避免公开露面。

【甲辰運.庚子年】憨山五十五岁。万历二十八年，憨山在广州闭关修行，谢绝人事。但一场意外的民变，把他从关中逼了出来。新任总督戴耀，是福建人，他的公子要乘船回福建去，船就停在码头上，百姓们聚集了几千人，一面包围总镇府，一面包围戴耀子的船只，用砖石砸船，几乎要把戴耀子的船只砸烂，形势非常危急。当时，广州城里的官员们都到端州的总督府行“节礼”去了，城中没有主事的人。王汉冲非常着急，他自己是当事人，身份特殊，不能到百姓中解释调停。危急时刻，王汉冲想到了正在闭关的憨山，急忙派自己的中军官去请憨山出面解救。憨山是广州人信仰崇拜的高僧，他说的话大家还是相信的，所以，百姓们的怒气渐渐平息了。不久，官府的命令传来，说明了情况，并答应不计较百姓们的过失，命令大家散去。 百姓们放下心来，轰然而散，一场风波就这样平息了。事后，广州的百姓们挺感激憨山的，许多家庭都设了牌位供奉他。端州行节礼的广州官员们，听到事变的消息时，正陪着总督戴耀用饭，听说总督的公子有生命危险，一下子全慌了。他们急忙赶回广州，见事态已经平息，都松了一口气，非常感激憨山。当然，最感激憨山的，还是总督戴耀和总镇王汉冲。
万历二十八年秋九月，憨山应南韶道台祝惺存和曹溪南华寺僧人的邀请，离开广州，到曹溪南华寺居住，重兴禅宗祖庭。因为还是俗人身份，憨山便称自己是去做“六祖奴郎”。刚到曹溪不久，住在端州的两广总督戴耀，因为感谢憨山救了他儿子的性命，非要见憨山一面。到了端州，戴总督慷慨承诺，以后会担任憨山的护法，帮助他弘扬佛教。戴耀留憨山在端州过年(万历二十七年冬天，祝惺存到广州面见憨山，力请他去曹溪。到二十八年正月，祝惺存又委派南华寺僧人真权、行裕、净泰、慧珊、愿识等，拿着祝惺存的书信，到广州催促憨山动身。四月，祝惺存要北上进京“入贺”，憨山赶到灵州送别，祝惺存再三叮咛，要憨山一定要去曹溪。 )

【甲辰運.辛丑年】憨山五十六岁。万历二十九年正月，戴总督下令给曲江知县，限三日为期，驱赶曹溪所有的“流棍”，拆毁店铺，不留一人一瓦。知县不敢怠慢，立即带人行动，衙役们如狼似虎，不几日，便将曹溪山门一带存在了百余年的店铺拆毁一空，各色人等，也驱赶得干干净净。 戴总督的霹雳手段，对保护南华寺来说，见效很快。但是，也在民间留下了积怨，一旦有风吹草动，形势变化，这些人还会回来报仇，再起事端。

【甲辰運.癸卯年】憨山五十八岁。万历三十一年，这一年十一月，紫柏大师在北京遭诬陷下狱，

【乙巳運.甲辰年】憨山五十九岁。于万历三十二年正月，正在中兴曹溪的憨山也受到牵连，重新回到雷州充军服刑。

【乙巳運.乙巳年】憨山六十岁。万历三十三年三月，他应几位官员朋友之邀，带领弟子们，从雷州渡海，到海南岛闲居游玩。万历三十三年四月，紫柏事件的风头算是过去了。戴总督下了道公文，把憨山从雷州调回广州安置，到了七月，又刻意放松，让憨山回到曹溪南华寺，继续负责重兴工程。

【乙巳運.丙午年】憨山六十一岁。万历三十四年三月，憨山离开曹溪，翻过大庾岭北行到江西，因为天气炎热，憨山生了病，便住在陈府中休养了一个多月。万历三十四年八月，皇太子常洛生了个儿子，万历皇帝做了爷爷，按照惯例，应该大赦天下。皇帝下旨，被发配的罪犯，凡是年老疾病，或者有冤情的，都可以上诉辨明，释放回乡。 经常生病，而且当初被发配也实在是冤枉，论哪一条都在释放之列。憨山亲自到端州，找戴总督说明情况。戴总督下令给雷州道，走一个形式，调查憨山的情况。雷州道顺水推舟，做了道公文，说憨山应该被释放，上报按察司，等候批准。皇帝有恩诏，官场有朋友，憨山的官司应该可以顺利解决。但是也有不巧的情况，广东省的按察司前任的“直指”官和太监做斗争，被免了职，后任官一直没派来。憨山的事情，差了最后一道手续，没法办理。

【乙巳運.丁未年】憨山六十二岁，万历三十五年三月，长期以来，憨山一直受到地方官的保护照顾，活动本来就很自由。所以这次，仍由戴总督下令，批准释放憨山，允许憨山回故乡。但憨山本来是个出家人，故乡也没有产业，所以，戴总督好人做到底，将憨山安置到曹溪南华寺居住。官司已了，一身轻松地安居到曹溪南华寺，除了继续经营南华寺的兴复工程，憨山也开始为山中僧俗弟子讲经说法。

【乙巳運.戊申年】憨山六十三岁，万历三十六年春天，岭西道冯元成冯大人，是憨山的朋友，到曹溪来看望憨山，朝礼六祖。晚上住在寺里，梦见观音菩萨显灵，醒来后又兴奋又激动，不知道是何征兆。等到去大雄宝殿朝拜佛祖菩萨时，拜到观音菩萨像前，发现观音塑像上边的房梁已经朽烂，摇摇欲坠，非常危险。冯元成这才省悟，观音菩萨托梦，原来是为了重修大殿的事情。 他询问憨山，为什么不修大殿。憨山说工程太大，需要经费太多，不容易募化。冯元成就大概问了问工程需要的款额，答应出力帮忙。 随后，冯元成到端州拜见了总督戴耀，向戴耀说起了这件事。戴耀本来就是南华寺的大护法，听了以后，吃惊地说：“人都有恻隐之心，看见小孩子有掉进井里的危险，都要抢前相救。现在佛菩萨有同样的危险，我们不救，还算是人吗？”便问重修大殿的费用，冯元成按照憨山的估计报了数，戴耀摇了摇头，觉得不太准确，就下令让南韶道台派人到南华寺勘察测量，预算费用。三十六年冬天，宝月台修成，憨山受托，写了一篇《宝月台记》。当时，木料已经采齐，结成大木筏汇集在端江码头，憨山便亲自押运木料回曹溪动工。通过以上叙述我们知道，这次重修大殿工程，官府插手过多，除憨山外，南华寺僧人几乎无法过问此事，这无疑给憨山埋下了新的祸根。

【乙巳運.己酉年】憨山六十三岁，万历三十七年春二月，憨山押运木料，沿端江回曹溪。憨山把木料运到濛江码头，自己一个人先回曹溪，与众僧商量修建大殿的事情。但此时，南华寺的内讧发生了。现在经费筹到了，要修大雄宝殿，拆迁僧房也是没办法的事。在一两个不法僧人的挑唆下，南华寺大部分僧人对憨山的行为提出质疑，聚众鼓噪，反对憨山拆修大雄宝殿。憨山形容当时的情形时，说“乱如叛民”。憨山和官府的关系极深，总督戴耀是憨山最有力的支持者。以南华寺住持愿祖为首的几个不法僧人，担心事情过后，憨山通过官府报复自己，所以先下手为强，捏造了几条罪状，说憨山侵吞寺产若干金，拆毁殿堂若干座，向南韶道提出诉讼，此案被官府受理，憨山成了被告。 对于这场官司，憨山表示：“诸辱可安忍，若言染指常住金钱，此干大法，岂可缄默乎？”所以决定把官司打到底。
南韶道受理案件后，派人调查，结果被告憨山无罪，原告住持愿祖反而有侵吞公款的行为，被依法治罪。愿祖不服判决，向广东省按院上诉。这时，恰巧总督戴耀离任，按院便受理了此案。憨山于是在万历三十七年五月离开南华寺，乘船赴省，听候官府审理。刚开始的几个月，憨山对这场官司很有信心，心情也不坏，这件案子被有意无意地搁置下来，好几年无人审理。憨山奉命住在芙蓉江的船上，等候官府的问话，谁知一等就是两年。这是憨山一生最艰苦的时期，盘缠很快用尽，身体也生了病。

根据《年谱》的记载，万历三十八年秋七月，新的“直指”官方才到任，开始审理憨山的案子。但这个时间，与前边记载的“船居于芙蓉江上者二年”有所冲突。在《梦游集》卷五十的《附录未竟因缘》中，说是辛亥年秋天，也就是万历三十九年秋天，“直指”官王公到任视事，下令“司理”官蒋公问案。这样，憨山等待审案的时间恰好是两年多。（《附录未竟因缘》是南华寺的弟子们负责记录撰写的，时间应该更可靠一些。《年谱》是憨山晚年口述，弟子们笔录，时间可能有颠倒。） 负责审案的“司理”官蒋公，态度明显地偏向愿祖一方，经过审理，判憨山有罪。憨山修建的禅堂，以及置办的供赡山场田地等，判归南华寺大雄宝殿名下。而宝殿的产权，本来归愿祖等僧人所有，所以，等于将产业判归了愿祖。对憨山本人的判决是递解出境，赶出广东省。曾经跟着憨山一起出力重兴南华寺的部分弟子和寺僧，也都算作“从犯”，判了刑。 判决结果呈报到新任“直指”王公那里，立即遭到批驳。命令南韶道台刘公认真复审。刘公派郡丞陈公，带人到南华寺，根据案卷上所列的项目，一件一件地落实。结果，愿祖控告憨山的罪状没有一件能落实的，全是诬告。 愿祖无计可施，含羞自尽。憨山的官司最终取得胜利，真相大白。

【乙巳運.壬子年】憨山六十七岁，万历四十年三月，他接受老朋友的邀请，到端州鼎湖山养病。在直指王公的照应下，憨山办理了几年前遗留下来的“奉赦候题”的最后手续，彻底成为自由人。

【乙巳運.癸丑年】憨山六十八岁，万历四十一年，憨山这一年，他经历了人生最后一次苦难。 夏天，他在长春庵为弟子们讲述《圆觉经》，刚刚讲到一半的时候，困扰他几十年的背疽又发作了。这一次，病势来得凶猛，背疽生得很大，肿得很高，看上去像个倒扣的钵盂，憨山疼痛难忍。请了好几位医生，都束手无策。 憨山在病床上奄奄一息，他的老朋友大将军王汉冲悄悄地准备开了后事。夏六月发病，到秋十月，憨山彻底痊愈。这场大病也是憨山一生的转折点，在此后的十年里，风平浪静，晚年的憨山得以平平安安地著述、讲学、授徒、修行、漫游、交友，达到了人生的高峰。万历四十一年十一月，也就是病好后的一个月内，憨山从广州出发，北行到了湖南衡阳灵湖东边的万圣寺安居下来。

【丙午運.甲寅年】憨山六十九岁，万历四十二年春正月，休养了一段时间的憨山，乘兴游览武陵。夏四月，憨山一行回到了衡阳湖东寺。这时，他听到了慈圣太后李娘娘归天的消息，非常悲痛，便组织僧俗弟子，主办了一次法会，为李娘娘超度。李娘娘逝世前，曾经下过一道恩诏，允许憨山重新披剃出家。憨山便在法会的灵龛前，举行出家仪式，剃去头发，穿上袈裟，再三礼拜谢恩。憨山一生，受慈圣太后李娘娘的恩惠很多，此时，他悲痛地说：“悲哉！檀越往矣，本寺之愿已矣，岂待再来耶？” 万历四十二年冬十一月，朋友们捐资修建的精舍竣工了，憨山有了新家。

【丙午運.乙卯年】憨山七十岁，身体健康，生活安适，在著述讲经告一段落之后，他忽然静极思动，游兴大发，在朋友的陪同下，万历四十三年秋八月，憨山攀登了衡山，畅游南岳衡山附近的风景。于冬十月到达零陵，游山玩水。冯元成安排憨山在愚溪结冬安居。

【丙午運.丙辰年】憨山七十一岁，万历四十四年，憨山已经七十一岁，正月十五解冬之后，他从零陵的愚溪回到衡阳湖东寺的昙华精舍。 夏四月，在众多僧俗弟子的陪同护送下，憨山启程东游。六月，到达了浔阳（今江西九江）夏季来临，庐山是最佳的避暑胜地。年逾古稀的憨山不想再冒暑赶路，便在庐山金竹坪居住下来。憨山在庐山避暑写作，同时也继续游览写诗。庐山优美而幽静的自然环境，使憨山再一次产生了长期隐居的想法。这一次，他是真想把庐山作为自己人生的最后归宿。 有位僧人，愿意把属于自己产业的五乳寺，出让给憨山。 憨山觉得和庐山很有缘份，决定晚年就在庐山度过。秋八月，天气凉爽下来，憨山师徒一行离开庐山，旅行依旧带有旅游朝山的性质， 农历十月初，憨山师徒到了浙江金沙，于十一月十五日到达暂放紫柏大师遗骸的寂照庵，冬安居过年的时候，在紫柏大师众弟子的挽留下，憨山师徒便在径山暂居下来。

【丙午運.丁巳年】憨山七十二岁，万历四十五年，憨山已经七十二岁了。正月十五日在径山解冬，便下了径山，到杭州云栖山凭吊莲池大师。五月十六日，憨山一行上了庐山，暂时在归宗寺居住。没过多久，大师在家弟子汪可受捐助修建五乳峰法云寺的资金首先到位，六月十五日，在大师弟子福善的具体负责下，法云寺破土动工。第一期工程是给大师盖一间静室，到万历四十五年十月底，静室竣工。

【丙午運.戊午年】憨山七十三岁，万历四十六年，法云寺开始修建佛殿和禅堂，由居士陈赤石、鲍中素、夏我斋等十人，结为“十友”，共同承担修造的费用。十二月，佛殿和禅堂竣工。

【丙午運.己未年】憨山七十四岁，万历四十七年，憨山任命广东籍的弟子通炯为法云寺首座，负责管理寺中事务。并在这年七月，规定法云寺为“十方养老常住”。意思是，各地的年老僧人，不论门派法系，都可以到法云寺挂单，安度晚年。由于憨山大师的声望，从各地来的僧人很多，不仅有老年，也有青年，另外还有不少居士，庐山法云寺一时兴旺起来。八月十五日，七十五岁的憨山开始闭关念佛。他仿效净土宗祖师东晋慧远大师“刻香代漏”的方法，每天十二时辰中，定下数量，专念“阿弥陀佛”，求生极乐净土。这个行动，也成为憨山大师禅净双修，由禅归净的一个标志。 万历四十七年，也就是憨山离开曹溪的第八个年头，山中众僧，感念憨山重兴六祖道场的恩德，在禅堂堂主、憨山弟子本昂的倡议下，先后写了十几封书信，请求憨山回归曹溪，被憨山婉言推辞了。

【丙午運.己未年】憨山七十四岁，万历四十八年春，在弟子广益的请求下，憨山大师又撰写了《圆觉经直解》、《大乘起信论直解》、《庄子内七篇注》等三本著作。可能在以前，憨山大师就讲述过这几本经论，存有草稿，这次写作，属于“重述”。其中的《庄子内七篇注》，是继《观老庄影响论》《老子注》之后，憨山大师的又一部道家著作。

【丙午運.庚申年】憨山七十五岁，万历四十八年夏，憨山大师曾经患过“足痛”的病，为时不久，就恢复了健康。憨山大师应曹溪弟子以及官员弟子吴生白等人的请求，撰写了《禅宗诸祖赞》，共作了七十一首，亲自书写，寄往曹溪。

【丙午運.辛酉年】憨山七十六岁，天启元年夏天，憨山大师为弟子讲授《楞伽经》。冬天，又讲《楞伽经》、《肇论》、《大乘起信论》。 天启元年，憨山已经七十六岁了。他的官员弟子王安舜，入山拜谒，请求憨山回归曹溪，憨山没有答应。

【丙午運.壬戌年】憨山七十七岁，天启二年春天，又讲《楞严经》、《金刚经》、《大乘起信论》。天启二年春正月，憨山在广东的几个秀才弟子刘起相、陈迪祥、陈迪纯、梁四相等四人，来到庐山，问候憨山起居，请求憨山大师回曹溪。其中刘起相和梁四相，在庐山陪憨山住了半年，软磨硬泡。天启二年秋七月，王安舜再一次来到庐山，继续劝驾。不久，吴生白又写来一信，苦苦请求。 最后，韶阳太守张公三星，亲自写信，由本昂带着来庐山，请求憨山大师回曹溪去。

【丙午運.癸亥年】憨山七十八岁，天启二年秋天，憨山大师终于完成了《华严经纲要》的写作，共八十卷，是一部巨著。明天启二年（1622）十一月十日，憨山大师在僧俗弟子的再三请求下，离开了隐居五年多的江西庐山五乳峰法云寺，回归广东曹溪南华寺。 十二月十五日，憨山到达了曹溪，受到合山僧众的隆重欢迎。他描述当时的情景是“罗列香华如获母”，也就是说，寺里僧众，像儿女欢迎母亲一样欢迎他。憨山在南华寺的禅堂里住下，开始率领众僧修行。

【丁未運.甲子年】憨山七十九岁，天启三年正月，南韶知府张公，到曹溪拜访大师。 三月，广州法性寺的弟子们赶到了曹溪，跟着憨山大师修行。四月，便开始讲经说法。到秋七月，他再次给弟子们讲授戒律。十月十二日是大师是寿诞，但到了十一日这天，大师就准备辞世了到了晚上申时，憨山大师喝了点水，并且洗浴了全身，换上太守赠送的紫缯罗禅衣。他笑着对侍者说：“今天终于截断了葛藤。” 随后，大师召集众弟子围绕念佛，助自己生西。在佛号声停歇的时候，大师嘱咐说：“你们不要惊惶，应当依佛制度，不得披麻服孝，勿得悲哭。你们要一心念佛！” 就这样，在祥和的念佛声中，一代人天眼目、三界导师结跏趺坐，安静地离开了尘世。