政治方面，檢方指控馬英九所涉的二項罪名，依刑事訴訟法規定，背信罪的部分不得再上訴第三審；貪污罪的部分則可上訴到第三審。根據台灣現行的《“總統副總統”選舉罷免法》規定，“受10年以上徒刑，尚未確定者，即不得登記為候選人”。

　　馬英九若被判有罪，或可上訴到“最高法院”，但第三審採法律審、書面審理，原則上不開庭，宣判日期很可能會拖到選後。若是二審維持一審無罪判決，馬英九雖可順利參選“總統”，但仍可能因檢方再提上訴而受三審判決的陰影箝制。