小弟沒看過該站的源碼，
猜想可能是在insert/update時使用LOCK TABLES的語法。

如果是這樣的話，
其實不必每個insert/update皆用該語法，
只要在相同文章列的回應使用LOCK TABLES的語法即可，
甚至可以拿掉LOCK TABLES 的語法，
因為在貼文與回文之間，
一定會有一個時間間隔，
縱使回文順序不同(因拿掉LOCK TABLES所致)，
但皆是回覆該文，故順序並無多大的影響。