第一部是救世主誕生，第二部是活著，第三部是死亡。

第一部結束時neo死後復生成為救世主，然後消滅了smith。

第二部中，matrix重裝上陣，同時在真實世界裏機器逼近人類基地，zion危在旦夕，所有飛船都被召回保衛家鄉。morpheus回來後神經兮兮地堅持必須再次去consult oracle。於是他們返回通訊層，oracle告訴neo他必須到matrix source才能拯救zion，去source的鑰匙掌握在某個老中key master手裏，而這老中給一個法國佬關起來了。說完之後oracle就很機智地溜走了，把個傻愣愣的neo留給了老對手smith。

smith現在變成了一種virus，他可以將對手復製成自己，smith一個人打不過就叫來好多個smith一發上，neo被迫同一百個smith作戰，最後瞅個空子開溜‧‧‧ neo逃脫之後與morpheus三人找到法國佬，法國佬瞎掰淮了一通之後得意洋洋地說讓他放人是沒可能的。然而電梯裏他的情婦卻看著neo兩眼放光，在morpheus的威逼下，neo毅然獻身奉上香吻一個換來了key master。法國佬滿頭髮綠不由得大怒，率眾與三人一痛惡戰，槍械、十八般兵刃、高速賽車都用上了，最終當然是他們四個全跑了。

neo終於來到了source，裏面有matrix的architect在等著他。architect告訴neo說，其實你給oracle騙了，你其實已經是第六代救世主了，現在的matrix版本都已經是version 6了，在此之前zion已經被毀滅過五回了。第一代matrix失敗之後我們發現人類不能接受機器給他們安排好的世界，人類總是覺得似乎自己應該有自由意願。於是以後各版本的matrix我們就刻意去模仿一個真實的人的思想去設計───這個人也就是所謂的救世主（neo）。每一代系統都不是足夠的完善，不能夠完全控制每一個人，而讓這些不能給matrix控制的人留在系統裏會破壞matrix的穩定性，於是我們每次都會放出這麼7個男性、11個女性讓他們去創建zion並生存繁殖、同時也可以自願地幫機器清除matrix中“覺醒”的那些垃圾人類‧‧‧

等以後時間長了zion越來越壯大，matrix也就需要重新升級換代了，設計oracle的目的就是給neo灌一腦子需要他來拯救世界的漿糊，最終把neo騙到source這裏來，幫助matrix實現升級換代‧‧‧ ：─）

architect最後說，這裏有兩個門，一個門是通向source，另一個門是返回matrix。如果你選擇了source，zion會被毀滅，matrix會完成重裝和升級，一切重新來一遍，但是人類不會絕種。另一個門返回matrix，也就是你不幫機器給matrix升級換代的話，那機器沒別的辦法，也只能毀掉zion；但這同時也意味著整個matrix系統會崩潰，也就意味著每一個連在matrix上的人都會給殺掉，這樣的話整個人類也就會從此絕種。

以往的五個neo無疑都不能承受讓人類從此絕種這種巨大的精神壓力，被迫屈辱地選擇了source ─── 把希望留給下一代的自己，至於這麼做算不算漢奸‧‧‧靠，反正俺人都死了。而這一次情況有點不一樣，neo探頭往matrix一看，我靠，有個agent正在對他馬子催你踢那個%$#@！！neo登時就高了呀！哇呀呀哼哼了幾聲就一頭紮下去了，背後傳來architect的冷笑‧‧‧