建議
1.據我所知，可以請屏東宗天宮的王崇禮老師處理會比較好，也比較完全。

2.本是黃姓，因子孫多，轉而入贅賴姓，理當奉祀賴姓祖先。
而且神明已經協調雙方祖先了....最好照著走，比較安全保險...

3.你爸爸可能在觀念上無法接受，以至於你阿公阿媽的靈骨甕才寫上黃賴XX...
所以你可以上網請教王崇禮老師，先把問題告知後，然後了解正確的處理流程....
然後再好好跟父親溝通，畢竟家裡作主的人是父親....

4.你拜阿伯當義父，這件事也要順便請教老師...
等你以後結婚成家搬出去後，是要奉祀阿伯的牌位？或是奉祀原先的祖先牌位？要問清楚....

5.法師不知道你們神明與雙姓祖先協調的過程與結果，當打開神主牌時，當下可能以為是黃姓祖先為主.....(我猜測的)
建議還是請教王崇禮老師，看如何處理....

6.靈骨塔牌位的寫法，也一併請教處理，不要到時沒處理好，還是問題一大堆.....